《名侦探柯南》的故事围绕天才高中生侦探工藤新一展开。他在调查神秘黑衣人组织时不幸被发现，被迫服下代号为APTX4869的毒药，身体竟离奇缩小成小学生模样。为隐藏身份并追查组织，他在发明家阿笠博士的建议下化名江户川柯南，并借助博士发明的各种侦探道具继续调查。 　　某日，新一的青梅竹马毛利兰来到阿笠博士家寻找失踪的男友。情急之下，变小的新一谎称自己是远房亲戚的孩子江户川柯南，最终寄住在小兰家中。小兰的父亲毛利小五郎是个糊涂的私家侦探，柯南便利用麻醉手表和变声领结等道具，暗中帮助他破案，同时借此接触更多与黑衣人组织相关的线索。 　　在转入帝丹小学后，柯南结识了吉田步美、圆谷光彦和小岛元太等同学，并和他们组建了少年侦探团。这群充满正义感的孩子经常主动卷入各种案件，而柯南则在保护他们的同时，运用过人的推理能力破解谜题。随着剧情发展，柯南与黑衣人组织的交锋逐渐深入，同时他还要在双重身份中周旋，既不能暴露真实身份，又要守护身边的人。