《女子别动队》讲述了抗日战争初期，民族资本家王尧翁为对抗日寇，与国民党军长于子才合作训练一支女子特工队的故事。面对敌占区的残酷环境，王尧翁以提供军饷和军械为条件，提议组建一支女子别动队。于子才欣然同意，并派出贴身警卫官杨干乔负责执行代号为“蓝色铁锚行动”的秘密训练计划。八名流亡女青年被带到深山军营，接受严苛的特训，为后续行动做准备。 　　然而，王尧翁运送的军饷和军械被汉奸田八爷截获，女子别动队首次出击，虽付出队员牺牲的代价，但成功完成任务，令王尧翁十分满意。他挑选队员菲菲作为贴身保镖，其余队员则在杨干乔带领下深入敌占区展开行动。其中，队员林曼云化身当红舞女，接近汉奸头目宋宝先，伺机获取情报并执行刺杀任务。 　　随着局势变化，王尧翁和于子才为谋私利，竟暗中投靠日伪，沦为汉奸。而杨干乔对于子才忠心耿耿，导致女子别动队陷入更大的危机。面对曾经的“盟友”背叛，队员们必须在信仰与生存之间做出抉择。影片展现了战争背景下女性的坚韧与牺牲，以及人性在利益与忠诚之间的复杂挣扎。