《摩斯拉1996》讲述了丰国商事在北海道纹别地区进行森林采伐时意外引发的一场远古危机。现场监督后藤裕一在森林中发现了一处古代遗迹，并带走了一枚神秘的盾牌。这枚盾牌实际上是妖精族用来封印宇宙怪兽帝斯基多拉的关键物品。6500万年前，帝斯基多拉从外星降临地球，毁灭了所有植物并导致恐龙灭绝，而盾牌正是阻止它再度苏醒的最后屏障。 　　后藤裕一将盾牌带回家中，当作挂饰送给女儿，随后返回采伐现场。不久，黑色妖精贝拉贝拉为抢夺盾牌现身，与守护盾牌的莫儿、罗拉姐妹展开激烈争夺。在得知盾牌背后的真相后，后藤一家与莫儿、罗拉姐妹决定前往纹别，试图阻止灾难发生。然而，当他们抵达时，一块巨大的岩石突然出现，帝斯基多拉冲破封印复活，展现出毁灭性的力量。 　　面对恐怖的怪兽，莫儿召唤了守护神摩斯拉前来对抗。然而，摩斯拉刚产完卵，体力衰弱，与帝斯基多拉的战斗陷入苦战。危急时刻，摩斯拉的幼虫提前孵化，吐丝发射光线支援母亲。摩斯拉奋力将怪兽逼至对岸，并利用水库决堤重创敌人，但最终因耗尽力量沉入海底。战后，幼虫在屋久岛吸收森林能量，迅速成长为新的摩斯拉。 　　与此同时，帝斯基多拉恢复完全形态，准备再次毁灭地球。新生的摩斯拉与怪兽展开终极对决，凭借压倒性的力量将其重新封印。最后，摩斯拉施展神力，让被怪兽摧毁的北海道恢复生机，重现绿意。任务完成后，摩斯拉与莫儿、罗拉姐妹一同返回故乡，地球再度回归和平。