《大明医圣李时珍》以明朝嘉靖年间为背景，讲述了医药学家李时珍的传奇一生。故事始于正德十六年，武宗驾崩，嘉靖帝即位，李时珍的父亲李言闻被任命为太医院吏目。好友吴药师因误诊郡主之病入狱，临终前将女儿吴斯语许配给李时珍，为故事埋下伏笔。 　　成年后的李时珍进入阳明书院求学，与荆王府世子朱成翊成为同窗。因拒绝朱成翊的拉拢，二人结下仇怨。期间李时珍偶遇身患顽疾的少女朱苌葶，悉心医治中渐生情愫，后惊觉她竟是荆王府郡主。为跨越门第阻碍，李时珍决心科举入仕，却遭朱成翊设计陷害，被诬考场舞弊而功名尽毁，郁结成疾。郡主暗中筹划私奔未果，病情恶化，危急关头吴斯语挺身救治，并拒绝朱成翊的利诱，最终与李时珍结为夫妻。 　　李时珍进入太医院后，发现朝堂内外危机四伏：朱苌葶沉迷丹药铅毒缠身，权臣严嵩父子与朱成翊勾结弄权，景裕二王夺嫡斗争白热化。他冒死谏阻嘉靖服用丹药，反被诬陷下狱。虽后来揭发假鹿茸案使朱成翊伏诛，但郡主仍因丹毒丧命。心灰意冷之际，李时珍将余生投入《本草纲目》编撰，期间收养的倭寇弟子小藤盗稿致斯语遇害，更令他痛彻心扉。 　　万历年间，《本草纲目》成书之际，李时珍为控制天花疫情延误进京，最终积劳成疾。临终嘱托儿子李建元将心血献于朝廷，幻想中得见巨著呈献御前的盛景。三年后，《本草纲目》不仅流传中华，更东渡日本朝鲜，实现了他"福泽天下后世"的宏愿。全剧通过李时珍在权谋与理想间的挣扎，展现了一代医圣悬壶济世、百折不挠的壮阔人生。