《跨世小神医》讲述了一位来自现代的天才少年医生意外穿越到古代，凭借高超医术和现代医学知识在古代悬壶济世、化解危机的传奇故事。主角林小凡本是医科大学高材生，因一场实验室事故魂穿至架空王朝大周，附身在同名同姓的落魄郎中身上。醒来后他发现这个世界的医疗水平落后，瘟疫横行，而自己掌握的现代医学知识竟成了救命法宝。 　　初到异世的林小凡用抗生素救活垂死孩童，用外科手术为将军取箭疗伤，很快"小神医"的名号传遍京城。但他很快卷入太医院与江湖郎中的争斗，更发现当朝宰相之女身中奇毒，背后暗藏谋反阴谋。凭借DNA检测原理和中药萃取技术，他不仅研制解药救下女主，更揭穿了利用瘟疫动摇国本的惊天阴谋。剧中他改良麻沸散为手术麻醉剂，发明简易显微镜观察病原体，将现代医学思维与古代智慧融合，创造出许多令人称奇的医疗奇迹。 　　在情感线上，林小凡与傲娇郡主从互相嫌弃到携手抗疫，与乞丐出身的女药师结下生死友谊，更收留了因战乱失聪的天才药童。当穿越真相逐渐揭开，他必须在回归现代与拯救古代万千生灵之间做出抉择。最终他选择留下，用毕生所学建立医学院，将现代医疗的火种永远播撒在这片时空。