《深入敌后2：邪恶轴心》讲述了美国海军海豹突击队执行一项高风险秘密任务的故事。影片以朝鲜半岛为背景，海豹突击队队长鲍比·詹姆斯中尉率领一支精锐小队潜入朝鲜境内，目标是摧毁一处隐蔽的导弹发射基地。该基地据情报显示正秘密研发可威胁美国及其盟友的远程导弹技术，时间紧迫，小队必须在导弹完成部署前将其彻底消灭。 　　行动伊始，小队通过夜间空降潜入敌后，但很快因意外暴露行踪而陷入朝鲜军队的围剿。在激烈的交火中，一名队员重伤牺牲，其余成员被迫分散撤离。詹姆斯中尉与通讯专家马库斯·约翰逊在荒芜的山林中艰难求生，同时躲避朝鲜特种部队的追捕。两人发现导弹基地的守卫比预期更加严密，且朝鲜军方似乎已提前获悉了他们的行动计划，暗示任务可能存在内部泄密。 　　与此同时，小队其他成员与中情局特工莎拉·米勒取得联系。莎拉透露，朝鲜将军朴正哲正计划将导弹技术出售给国际恐怖组织，一旦得逞将引发全球性危机。小队决定分头行动：詹姆斯和马库斯潜入基地内部安装炸药，而其余队员则在外围制造混乱牵制敌军。行动中，詹姆斯与朴正哲展开正面交锋，最终在千钧一发之际引爆导弹燃料库，彻底摧毁了基地。 　　影片结尾，幸存队员在美军直升机接应下撤离，但詹姆斯对任务中的蹊跷细节耿耿于怀，暗示幕后黑手仍未浮出水面。故事在悬疑氛围中收尾，为续作埋下伏笔。全片融合了丛林游击战、间谍阴谋与高科技武器对决，展现了特种部队在政治阴谋与生死考验中的忠诚与勇气。