《星际迷航2：暗黑无界》讲述了企业号舰长柯克在尼比鲁星球执行任务时，为营救战友史波克不惜违反星际舰队规定，冒险将企业号暴露在危险中。这一举动虽成功救回史波克，却导致柯克被撤销舰长职务。不久后，伦敦发生了一起骇人听闻的恐怖袭击，造成四十余人死亡。调查发现，袭击者约翰·哈里森竟是星际舰队内部人员，他随后又驾驶战机袭击了星际舰队高层会议，柯克敬重的派克将军在袭击中不幸身亡。 　　为了追捕哈里森，柯克临危受命，重新担任企业号舰长，率领船员展开追击。然而，这段旅程充满危险与未知，柯克与舰员之间的信任也因之前的矛盾而备受考验。随着调查的深入，他们发现哈里森的背后隐藏着更大的阴谋。当企业号最终找到哈里森时，他的真实身份令人震惊——他其实是基因强化人可汗，一个被星际舰队秘密囚禁并利用的超级战士。 　　可汗揭露了星际舰队高层的黑暗计划，他们试图利用他的能力制造超级武器，而伦敦袭击只是他复仇计划的一部分。柯克必须在可汗的疯狂报复与星际舰队的阴谋之间找到平衡，同时修复与史波克等船员的关系。最终，柯克为拯救企业号牺牲自己，而史波克也在愤怒与理智的挣扎中击败了可汗。影片以柯克的复活和船员们重建信任的感人结局收尾，展现了勇气、牺牲与友谊的真谛。