《次世代机动警察：首都决战》的故事始于一个平静的晴天，东京都标志性建筑彩虹桥突然被一枚导弹击中，瞬间断成两截。这起突如其来的恐怖袭击震惊了整个城市，引发大规模恐慌。警视厅公安部外事三课的警部高畑慧带着袭击现场的影像资料找到特车二课的指挥官藤田继次，经过技术分析，确认袭击者正是自卫队失窃的最新型战斗直升机AH-88J2改“灰色幽灵”。高畑透露，这起事件与神秘人物拓植行人及其同伙灰原零密切相关，他们似乎正在策划更大的阴谋。 　　与此同时，特车二课面临着被解散的危机。在政府高层的压力下，这支以机动警察（LABOR）为核心的特殊部队显得岌岌可危。然而，随着调查的深入，拓植行人的真实目的逐渐浮出水面——他企图利用“灰色幽灵”和其他高科技武器控制东京，将一千万市民作为人质，逼迫政府屈服。面对这一前所未有的威胁，特车二课的成员们必须争分夺秒，阻止恐怖分子的疯狂计划。 　　作为特车二课的王牌驾驶员，泉野明和她的搭档LABOR“英格拉姆”成为了拯救东京的关键。尽管内部面临解散的压力，外部强敌环伺，泉野明依然挺身而出，带领队友们与恐怖分子展开激烈交锋。在最后的决战中，特车二课与“灰色幽灵”在东京上空展开殊死搏斗，城市的命运悬于一线。泉野明能否凭借过人的勇气和技巧力挽狂澜？特车二课又能否在绝境中证明自己的价值？这场关乎首都存亡的激战即将揭晓答案。