《图书馆战争：最后的任务》延续了系列电影的核心冲突，讲述了在《媒体良化法》高压统治下的日本，图书队与良化队围绕言论自由展开的终极对决。故事开篇聚焦于图书队为即将举办的"艺术祭典"筹备展出的珍贵文献——《图书法规要览》，这本象征知识自由的典籍成为双方争夺的焦点。笠原郁与堂上笃这对历经生死的搭档，在筹备过程中既要应对良化队的突袭，又要直面彼此深藏的情感，两人的关系随着危机升级而愈发紧密。 　　随着良化队发动大规模袭击，图书队基地陷入前所未有的危机。激烈的枪战与爆破场面中，队员们以血肉之躯守护着文化火种，而手冢慧操控的"未来计划"逐渐浮出水面——这位文部科学省官员试图通过系统篡改彻底抹杀言论自由。其弟手冢光陷入亲情与信念的撕裂，最终选择站到图书队一方。当良化队精锐部队攻入核心展区时，堂上笃为保护《要览》身负重伤，笠原郁在千钧一发之际完成使命交接，用行动诠释了"书与人都值得用生命守护"的信念。 　　高潮戏码在艺术祭典主会场展开，手冢慧的电子病毒即将瘫痪全国图书馆系统。图书队成员分头行动，一边抵御良化队的武装进攻，一边争分夺秒修复数据。最终通过全员协作，不仅保全了《要览》实体，更将未删减的电子版扩散至全国，粉碎了权力者篡改历史的阴谋。影片结尾，康复的堂上笃与笠原郁在樱花纷飞的图书馆相视而笑，象征着这场持续三十年的战争虽未结束，但捍卫自由的意志已薪火相传。故事在图书队新一代成员宣誓的画面中落下帷幕，留下对知识主权永不妥协的铿锵余韵。