《非洲女王号》的故事背景设定在第一次世界大战期间的非洲大陆。男主人公查尔斯·奥尔耐特是一位落魄的英国机械师，因失业而流落到非洲东部，靠为当地矿主修理设备勉强维生。女主人公罗斯·塞耶则是一位虔诚的英国传教士，与哥哥在乌隆迪村建立传教站，致力于向非洲土著传播基督教。当德军袭击村庄并导致罗斯的哥哥不幸去世后，查尔斯与罗斯这两个原本毫无交集的陌生人，命运被战争紧紧联系在了一起。 　　为了逃离被德军控制的区域，两人决定乘坐查尔斯那艘破旧不堪的蒸汽游艇"非洲女王号"顺流而下。性格固执、恪守教义的罗斯与嗜酒如命、玩世不恭的查尔斯在旅途中冲突不断，但共同经历的险境——包括激流险滩、德军哨卡、疟疾威胁以及船只故障——让这对中年男女逐渐放下偏见。在穿越原始丛林的过程中，查尔斯展现出机械师的天赋和冒险精神，而罗斯的坚定信仰与勇气也深深触动了查尔斯。 　　当他们得知德国战舰"路易莎号"封锁着坦噶尼喀湖时，罗斯提议改装"非洲女王号"作为鱼雷艇袭击敌舰。尽管查尔斯最初认为这个计划近乎疯狂，但最终被罗斯的爱国热情打动。两人将氧气罐改造成简易鱼雷，在暴风雨夜驾驶着几近解体的游艇冲向德军战舰。随着一声巨响，"路易莎号"被成功击沉，而查尔斯与罗斯在跳船逃生后被德军俘虏。就在即将被处决之际，两人在法庭上举行了简朴而深情的婚礼，而戏剧性的是，他们因击沉敌舰的壮举意外获释，最终携手开始了新的人生旅程。