《将军在上》讲述了女将军叶昭的传奇故事。叶昭（马思纯饰）自幼跟随父亲征战沙场，性格刚烈果敢，十六岁时便女扮男装领兵作战，凭借赫赫战功被皇帝钦封为天下兵马大将军。然而她的真实性别曝光后，朝野震动，垂帘听政的刘太后为压制其锋芒，强行将她指婚给纨绔郡王赵玉瑾（盛一伦饰）。 　　这场政治联姻让两个截然不同的人被迫绑在一起。叶昭英姿飒爽、武艺超群，而赵玉瑾虽貌比潘安，实则胆小懦弱、沉迷享乐。新婚之夜，叶昭一身戎装震慑全场，赵玉瑾却吓得落荒而逃。婚后生活鸡飞狗跳，叶昭试图以军营方式改造丈夫，闹出无数笑话，而赵玉瑾也渐渐被妻子的豪情与担当所打动。 　　随着剧情发展，两人从互相嫌弃到暗生情愫。当西夏入侵边境时，叶昭奉命出征，赵玉瑾为追随妻子竟主动请缨上战场。在保家卫国的过程中，这对欢喜冤家共同成长，最终打破了性别偏见与世俗束缚，谱写了一曲荡气回肠的爱情传奇。