《李卫当官3》讲述了一个充满戏剧性与悬疑的故事。流浪汉赵三发与大内高手李传卫因相貌极为相似，在一次偶然的机会下互换了身份。李传卫借机潜入反清组织，凭借过人的身手和智谋迅速获得重用，而毫无武功的赵三发却阴差阳错成为乾隆皇帝的贴身侍卫，亲历了乾隆禅位给嘉庆的历史时刻。 　　尽管两人身份、地位和处事方式截然不同，但他们却在暗中联手，周旋于乾隆、嘉庆与权臣和珅之间。赵三发凭借机敏和运气，李传卫则依靠武功与谋略，最终协助嘉庆铲除了巨贪和珅，并成功挫败了明教的叛乱阴谋。在此过程中，两人不仅找回了失散多年的兄弟亲情，也各自寻得了真爱。 　　随着朝堂斗争的明朗化，李传卫逐渐恢复了记忆，而赵三发也在权力漩涡中越陷越深。两人在不知不觉中互相靠近，最终察觉到了彼此的存在。然而，当嘉庆皇帝论功行赏时，他们却选择远离朝堂，一同踏上了寻找亲生父母坟茔的旅程，为这段传奇经历画上了温情的句号。