《密战峨眉》讲述了抗日战争时期，为保护国宝免遭战火摧毁，国民政府将上万箱文物秘密转移至四川峨眉山。日军情报机构获悉其中一枚印玺暗藏千吨黄金藏宝图，立即派遣间谍潜入峨眉企图窃取，以补充日军军饷。中共地下党员叶钊（富大龙饰）临危受命，伪装身份打入日谍组织内部。为掩护行动，他与县长千金沈婕（高洋饰）假扮夫妻，并联合爱国军官柳絮飞（姬晨牧饰）成功铲除了日谍头目。 　　1942年，华北派遣军派出新一任日谍头目前往峨眉，继续执行中断的阴谋计划。当日军计划空袭蒋府官邸以打击中国军民抗战意志时，叶钊再次冒险深入敌营，巧妙修改敌机轰炸坐标，致使日军轰炸机偏离航线撞山坠毁，成功挫败了敌人的阴谋。 　　1945年抗战胜利前夕，吴石将军（鲍国安饰）向叶钊下达了新的潜伏任务。叶钊与长期并肩作战的沈婕约定，待战争结束后结成真正的夫妻。然而当举国欢庆胜利之时，沈婕却收到了令人心碎的消息……故事在历史洪流与个人命运的悲欢交织中，展现了隐蔽战线英雄们的忠诚与牺牲。