《少林寺传奇2》以隋朝末年为背景，描绘了乱世中十三位平民因家仇国恨遁入空门，最终协助李世民平定天下的传奇故事。天下大乱之际，太尉王世充野心勃勃，挟持幼主杨侗，屠杀异己，并颁布“禁武令”铲除武林势力。其侄子王仁则与义子王仁义充当爪牙，几乎剿灭洛阳所有门派，最终将矛头指向少林寺。少林武术总教头昙宗武功冠绝武林，王世充欲收为己用，设下重重考验逼迫其就范，但昙宗一心向佛，断然拒绝。王世充恼羞成怒，将灭门血案嫁祸于昙宗，致使受害者长子张天保多次暗杀昙宗，更买通卖艺兄妹设下致命陷阱。 　　王世充为扩充势力，残害洛阳首富高达一家，唯独浪荡公子高飞扬侥幸逃生。高飞扬为报仇深山学艺，途中结识憨厚的九斤与枭雄程咬金，四人委身虎穴，危机四伏。与此同时，卖艺的佟锐、佟铃兄妹因王仁则强占佟铃未遂，导致佟铃自杀，佟锐与农民周锦福誓死复仇。王世充听信术士桓法嗣谗言，残害忠良，加速了自身灭亡。昙宗预感天下大乱，为保寺济民，创立需十三人组成的“罗汉奇门棍阵”，并四处寻觅人才，最终集结周锦福、张天保、高飞扬等十二人，加上自身组成棍阵。 　　张天保与王世充之女王玉凤青梅竹马，却因家族血仇反目。其弟张天永被王世充收养并改名王仁义，兄弟相残，情仇交织。李世民为解救百姓，率军讨伐洛阳，微服刺探军情时被王仁义所擒。王仁义野心勃勃，欲借机上位复仇，却因计划败露功亏一篑。昙宗率弟子冒死潜入洛阳营救李世民，突破天牢机关，直闯王宫劝王世充回头，但王世充执迷不悟，双方展开血战。十三棍僧以少林绝技力挽狂澜，助唐军取得胜利，为大唐王朝奠定根基。 　　战后，李世民封昙宗为大将军，但昙宗淡泊名利，毅然回归少林，振兴武学。其高风亮节不仅赢得李世民敬重，更成为后世景仰的传奇。十三棍僧的壮举，印证了“没有十三棍僧就没有大唐王朝”的历史佳话。