《战火中的花蕾》讲述了记者出身的大小姐沈君怡在抗战时期投身儿童救助事业的感人故事。故事始于沈君怡在战场上目睹儿童苦难后，毅然加入战时儿童保育会工作。她在救助过程中邂逅了表面是国民党连长、实为中共党员的方鉴明，对方在危难中救下她，两人由此结缘。与此同时，沈君怡阴险的前未婚夫高自尊也来到保育院，为后续冲突埋下伏笔。 　　方鉴明本想返回前线抗日，却因组织安排和沈君怡的坚持，不得不带领数百名难童和老师踏上艰险的迁徙之路。从徐州到重庆，他们一路躲避日军追击、克服饥饿疾病，方鉴明的英勇机智赢得众人敬重，与沈君怡的感情也日渐深厚。而高自尊因嫉恨方鉴明，与会计张娇荣勾结贪污救济款，并栽赃陷害方鉴明，甚至借中统之手将其打入死牢。危急关头，沈君怡奔赴重庆周旋，最终在行刑前取得宋美龄的特赦令。 　　保育院老师文香为救被土匪掳走的孩子，只身赴险牺牲；董家祥等人在剿匪战斗中壮烈殉国。高自尊罪行败露后杀害同伙逃亡，最终被沈君怡亲手击毙。1940年，方鉴明奉命归队前向沈君怡表白爱意，却在1944年远征缅甸时牺牲，年仅38岁。沈君怡终身未嫁，新中国成立后继续从事儿童教育，将一生奉献给三百多个称呼她"妈妈"的孤儿，直至1988年离世。故事以战火中的人性光辉与牺牲精神，谱写了一曲跨越时代的生命赞歌。