《谍战深海》以中国新兴沿海城市海昌为背景，讲述了国家安全部门与境外间谍组织之间的激烈较量。故事始于国安局一名侦察员在执行任务时意外失踪，引起高层高度重视。李厅长（巫刚饰）迅速组建专案组，指派经验丰富的武梅（刘佳饰）带队展开调查。与此同时，一艘渔船在“探索一号”科考船附近打捞起一只神秘“水母”，深海研究院总工程师岳诚（李进荣饰）带领团队对其展开研究，试图破解其中的技术秘密。 　　境外间谍组织头目彼得森察觉到“水母”中隐藏着重要情报，立即命令潜伏在海昌的特务王维韬（王志文饰）不惜一切代价夺回这一机密。王维韬阴险狡诈，利用多重身份和复杂关系网展开行动，与专案组展开了一场惊心动魄的博弈。经过缜密侦查和激烈交锋，武梅和团队最终成功将王维韬绳之以法。然而，案件并未就此结束。 　　在审讯过程中，武梅发现这起案件背后隐藏着更大的阴谋。敌人早已在我国海域投放了多枚“水母”装置，企图窃取海洋资源和军事信息。随着调查的深入，武梅意识到真正的对手尚未浮出水面，一场更为艰巨的反间谍战斗才刚刚开始。面对新的威胁，专案组必须争分夺秒，阻止境外势力的进一步渗透，保卫国家安全。