《Infini-T Force剧场版》的故事承接前作，四位英雄——Gatchaman（健）、Tekkaman（城二）、Polimar（武士）和卡辛（铁也）在拯救各自的世界后，本应回归平静的生活。然而，他们为了某个未知的目的，再次与神秘少女笑一同跨越时空，降临到同一个平行世界。这个世界正被邪恶组织“恶魔党”肆虐，而与之对抗的正是由Gatchaman领导的“科学忍者队”。 　　然而，四位英雄很快察觉到这个世界的不寻常之处。当他们试图理清头绪时，科学忍者队的创始人南部博士突然现身。令人震惊的是，这位本该是盟友的博士竟对健露出诡异的笑容，并直言不讳地宣称：“看来你们似乎是我的敌人。”这句话彻底颠覆了英雄们的认知，也让局势变得更加扑朔迷离。 　　与此同时，一个熟悉的身影在楼顶暗中观察着他们——科学忍者队的No.2成员“神鹰乔”。他曾是健最亲密的战友，如今却以复杂的姿态注视着这群来自其他世界的英雄。随着南部博士的敌对宣言和神鹰乔的出现，四位英雄发现自己被卷入了一场远超想象的阴谋之中。 　　面对未知的敌人和昔日的伙伴，Gatchaman、Tekkaman、Polimar和卡辛必须重新集结，揭开这个世界的真相。恶魔党的真实目的、南部博士的背叛、神鹰乔的立场……一切谜团都将在激烈的战斗中逐渐浮出水面。四位英雄的全新激斗就此展开，他们将再次为正义而战，守护跨越时空的和平。