《哥斯拉终极战役》的故事发生在人类成功击败并封印哥吉拉数年之后。面对地球上肆虐的其他怪兽，人类成立了“地球防卫部”，以超级战舰“轰天号”及其舰长道格拉斯·戈登上校为核心力量，对抗怪兽的威胁。此外，防卫部还招募了拥有特殊“M染色体”的“超人类”，其中尾崎真一少尉凭借超凡的体能和敏捷性成为佼佼者。   不久后，人类挖掘出一具兼具机械与生物特性的巨型怪物遗骸，经婴儿岛的“小美人”警告，确认这是曾被魔斯拉封印的外星生物“盖刚”。它的苏醒预示着人类即将面临巨大危机。果然，全球各地同时遭遇怪兽袭击，地球防卫部疲于应对。然而，一群自称“X星人”的外星势力突然出现，声称要帮助人类抵御一颗即将撞击地球的星球，并带走了所有怪兽。   尾崎真一和道格拉斯在调查中发现，X星人的说辞完全是谎言。所谓的星球撞击并不存在，而怪兽正是外星人用来侵略地球的工具，他们的真实目的是将人类当作粮食。尽管真相被揭露，但X星人凭借超能力和控制的怪兽军团迅速歼灭地球防卫军，仅剩轰天号残存。在绝境中，道格拉斯提出一个疯狂的计划——释放南极封印的哥吉拉，让这头地球最强怪物与外星侵略者展开终极对决。