《深海狂鲨3》的故事始于太平洋深处，一支探测团队乘坐轮船执行深海探测任务。正当他们进行任务对接时，船上的监测系统突然发现附近有不明障碍物快速逼近。尽管团队紧急联系了潜入海底的同事，但为时已晚——数条凶猛的鲨鱼突然发动袭击，将海底人员残忍吞噬。这场突如其来的惨剧让整个团队陷入恐慌，也揭开了深海区域潜藏的危险。 　　六个月后，墨西哥太平洋海岸的港口看似恢复了平静，但危机并未真正消失。一名热爱潜水的年轻人在海中偶然发现了一枚巨大的鲨鱼牙齿，这引起了他的强烈好奇。他开始查阅资料，试图弄清这种鲨鱼的来历，却不知自己正一步步接近致命的真相。与此同时，港口附近的海域暗流涌动，鲨鱼的踪迹再次若隐若现，而当地居民和游客对此毫无防备。 　　随着鲨鱼袭击事件的零星发生，恐慌逐渐蔓延。年轻人意识到，这些鲨鱼并非偶然出现，而是有目的地靠近人类活动区域。他试图警告当局，但起初无人相信他的发现。直到一场大规模的鲨鱼袭击爆发，人们才意识到灾难已然降临。面对这群嗜血的深海猎手，港口陷入混乱，而年轻人必须与时间赛跑，寻找阻止鲨鱼的方法，否则更多无辜的生命将葬身鱼腹。