《法医秦明3》的故事发生在龙番市，一系列连环杀人案震惊全城。受害者均为女性，且每具尸体都缺失了身体的特定部位，案情诡异而残忍。警法五人组在秦明的带领下，频繁出入案发现场和解剖室，试图从蛛丝马迹中拼凑出真相。随着调查的深入，他们在凶手的藏身之处发现了令人毛骨悚然的场景——昏暗的房间内，摆放着整齐的透明玻璃罐，里面竟浸泡着受害者丢失的心脏。 　　案件接二连三发生，凶手的作案手法愈发嚣张，案情也愈发扑朔迷离。秦明凭借精湛的法医技术和对细节的敏锐洞察，努力为死者发声，揭开隐藏在尸体背后的秘密。与此同时，团队不仅要面对凶手的挑衅，还要与时间赛跑，寻找可能的幸存者。然而，更令秦明困扰的是，他发现自己曾因疏忽而未能抓获的凶手，似乎与当前案件有着某种联系。 　　死者身上的神秘十字架标记，以及最后一名受害者临终前留下的“十年前那个人回来了”的讯息，将案件引向更深的谜团。秦明逐渐意识到，这并非简单的连环杀人案，而是与一段尘封已久的往事息息相关。随着真相逐渐浮出水面，警法五人组必须直面内心的阴影，才能阻止凶手的疯狂杀戮，终结这场跨越十年的复仇游戏。