《重大发现》讲述了一位才华横溢的计算机科学家兼小说家马克·霍华德的故事。马克在事业巅峰期突然收到儿时好友艾瑞克的联系，两人在分别二十年后重逢。艾瑞克如今是一名调查记者，他带来了一段模糊的童年录像，暗示他们十二岁时曾参与过一项秘密政府实验。这段记忆被马克刻意遗忘，但随着线索展开，他发现自己竟能通过潜意识操控特定计算机系统，而这种能力正与实验有关。 　　随着调查深入，马克和艾瑞克入侵了高度机密的“阿特拉斯计划”数据库，揭露该项目曾对儿童进行神经编程实验，旨在培养“人形武器”。更令人震惊的是，马克体内被植入的生物芯片仍在运作，导致他频繁出现暴力幻觉。与此同时，负责该项目的上校察觉数据库异常，派出特工追捕二人。逃亡中艾瑞克不幸中弹，临终前将证据上传至暗网，迫使马克独自面对真相。 　　影片高潮中，马克利用能力反向入侵军方系统，却发现当年参与实验的十二名儿童仅剩自己存活。在芯片即将诱发其自杀的最后一刻，他编写病毒瘫痪了整个系统，并公开了所有实验数据。最终马克隐姓埋名，将经历写成小说出版。片尾镜头停留在新一批儿童档案被秘密归档的画面上，暗示实验从未真正终止。