《超能疯人院》的故事始于一个遥远的“落后”星球，青年主角阿星因思念流亡地球的亲人，凭借天才般的智慧自制简陋飞行器，冒险穿越星际抵达地球。初到地球的他格格不入，却因一次意外被当作精神病人送进了名为“青山疗养院”的机构。这里表面是治疗心理疾病的医院，实则暗藏玄机——院长莫里斯秘密收留着多名拥有超能力的“病患”，并试图控制他们的力量。 　　阿星在疗养院中结识了能预知未来的少女小满、力大无穷的哑巴铁山等超能力者，逐渐发现他们竟是自己族人后裔。原来多年前的星际战争中，部分族人逃亡地球，超能力基因通过血脉延续，却被莫里斯以药物囚禁研究。更惊人的是，莫里斯背后还藏着外星反派“暗影联盟”的阴谋，他们企图利用这些能力者打开星际通道，发动新一轮侵略。 　　为拯救族人与地球，阿星联合病友们策划逃亡。他们利用各自超能力突破重重封锁，却在最后关头遭遇莫里斯的机械军团围剿。激战中，阿星意外触发体内隐藏的星际能量，与族人能力产生共鸣，一举摧毁了暗影联盟的传送装置。最终，疗养院的超能力者们重获自由，而阿星也找到了失散多年的亲人，决定留在地球守护这个新的家园。