《神秘博士：海魔传说》讲述了第十三任博士（朱迪·惠特克饰）与同伴亚兹（曼迪普·吉尔饰）和丹（约翰·毕晓普饰）意外穿越到19世纪中国沿海村庄的故事。村庄正面临双重威胁：一方面是令人闻风丧胆的海盗女王郑夫人（克里斯托·于饰）的劫掠，另一方面则是她无意中释放的古老外星种族——海魔的苏醒。这些沉睡海底的爬行类生物拥有先进科技，企图重新征服地球，而人类的无心之举恰好为它们的复苏创造了条件。 　　博士一行在调查村庄离奇事件时，发现当地渔民打捞上来的神秘器物实为海魔的休眠舱。郑夫人误将其当作珍宝争夺，触发了外星种族的觉醒机制。随着海魔舰队从深海浮现，博士必须在海盗与外星入侵者的夹击中周旋。她试图说服郑夫人放下武器共同抗敌，但桀骜不驯的海盗女王更倾向于用火炮解决问题。与此同时，亚兹和丹深入海魔巢穴，发现了这个种族与地球恐龙时代的神秘关联。 　　高潮在海上决战中爆发，博士利用海魔科技与郑夫人的船队临时结盟，制造出足以摧毁外星母舰的能量共振。当海魔试图启动全球淹没装置时，博士以牺牲部分科技为代价，再度将它们封印回深海。最终郑夫人领悟到贪婪的代价，而博士团队则在夕阳下告别这个充满东方传奇色彩的时空，继续他们的宇宙冒险。