《巍巍昆仑》以1947年国共内战关键时期为背景，讲述了毛泽东率领中共中央机关在陕北与国民党军队展开惊心动魄周旋的故事。影片开篇，蒋介石对山东和陕北解放区发动重点进攻，毛泽东高瞻远瞩，主动放弃延安，化名"昆仑纵队"与胡宗南二十万大军展开"捉迷藏"式的战略牵制。这支由中央机关组成的特殊部队，在黄土高原的沟壑间与敌军周旋，用"蘑菇战术"拖垮敌人，创造了战争史上的奇迹。 　　与此同时，彭德怀指挥西北野战军在蟠龙镇打响了著名战役，不仅生擒敌旅长李昆岗，更缴获大量战略物资。毛泽东纵观全局，指挥华东野战军在山东战场接连取得莱芜战役、孟良崮战役大捷，全歼国民党精锐整编74师，击毙张灵甫，彻底粉碎了蒋介石的重点进攻计划。影片通过平行蒙太奇手法，生动展现了前线将士浴血奋战与后方领袖运筹帷幄的壮阔画卷。 　　随着战局发展，国统区"反饥饿、反内战"运动风起云涌，蒋介石政权陷入空前危机。恼羞成怒的蒋介石严令胡宗南务必歼灭"昆仑纵队"，但毛泽东率领的中央机关凭借群众支持和灵活战术，屡次化险为夷。在小河口会议上，毛泽东系统阐述了战略反攻理论，为解放战争指明了方向。此后沙家店战役歼灭敌整编36师，刘邓大军千里跃进大别山，各战场相继转入反攻。影片结尾，毛泽东站在五台山雪原上眺望远方，预言两年内必将"饮马长江，直捣南京"，展现了一代伟人的雄才大略和必胜信念。