《金刚大战哥斯拉》的故事始于一场突如其来的灾难。哥斯拉从北极的冰层中破冰而出，先是击沉了核潜艇“海洋号”，随后摧毁了北极的军事基地，并开始向南移动，引发全球恐慌。与此同时，太平洋制药公司为了提升电视节目的收视率，决定利用传闻中出现在法罗岛上的“魔神”作为噱头。公司宣传部的樱井和古江前往法罗岛调查，发现所谓的“魔神”正是巨型猩猩金刚。两人设计将金刚麻醉后运往日本，但在运输途中，日本政府拦截了船只。然而，金刚突然从麻醉中苏醒，挣脱束缚跳入海中，游向日本本土。 　　金刚在日本那须高原与南下的哥斯拉首次相遇，两大巨兽展开激烈对决。哥斯拉凭借强大的放射火焰占据上风，金刚不敌败退。与此同时，日本自卫队启动了“火焰攻击大作战”，试图用燃烧的汽油河流阻挡哥斯拉，但哥斯拉并未直接渡河。随后，自卫队又设置高压电流屏障，哥斯拉竟被电流吓退。然而，金刚却展现出对电流的独特适应性，他轻松突破电塔防御，甚至疯狂吸食电流补充能量。金刚闯入东京市中心，劫持了樱井的妹妹作为人质，并攀上国会会议厅。自卫队紧急实施“美味果汁迷迷糊糊大作战”，利用法罗岛特制的莓汁从空中喷洒，使金刚陷入昏迷。 　　为了防止金刚继续破坏城市，自卫队用巨型气球将金刚运往富士山区。在富士高原，金刚与哥斯拉再度交锋，哥斯拉以放射火焰点燃森林，金刚再次被击败。然而，一场突如其来的雷暴改变了战局，闪电击中金刚，使其吸收了大量电能，力量暴增。获得雷电之力的金刚如同觉醒的战士，以“雷击拳”重创哥斯拉，甚至抓住哥斯拉的尾巴将其甩飞。两兽的激战从高原蔓延至热海城，最终滚落山下坠入海中。海面恢复平静后，只有金刚的身影浮现，哥斯拉似乎被彻底击败。 　　尽管电影结局明确显示金刚获胜，但东宝公司出于平衡两国怪兽形象的考虑，在官方资料中将结果改为平手。据统计，两兽共交战三次：富士山之战哥斯拉胜，电塔之战金刚胜，热海城之战金刚再度取胜。这场史诗级对决不仅满足了观众的视觉盛宴，也巧妙维系了哥斯拉在日本“怪兽之王”的地位。