《独立愚连队》以二战末期的华北战场为背景，讲述了一支被围困在山谷中的日军小分队的故事。这支名为"独立第九十小分队"的部队由各连队残兵组成，因士气低落、纪律涣散而被戏称为"愚连队"。面对绝境，士兵们陷入绝望，整支部队濒临崩溃边缘。 　　故事主线围绕军曹大久保展开，他伪装成中国人潜入这支队伍。大久保的弟弟原是这支队伍的队长，却离奇传出与情人殉情的消息。正在北京养伤的大久保怀疑弟弟之死另有隐情，于是冒险逃出医院前来调查。随行的还有战地记者荒木，二人一起暗中追查真相。随着调查深入，他们发现石桥中尉与这起殉情案有着不可告人的关联。 　　影片在悬疑调查的主线下，生动展现了战争末期日军的颓败景象。士兵们不仅要面对中国军队的围困，还要在内部猜忌和矛盾中挣扎求生。当大久保逐渐接近真相时，中国军队的总攻也悄然展开，将这支"愚连队"逼入更深的绝境。影片通过这支特殊部队的命运，折射出战争对人性的摧残，以及侵略战争必然失败的结局。