《透明人2》的故事始于一场离奇的谋杀案。某医学博士在派对上被一名神秘透明人残忍杀害，探员特纳（彼得•费辛利饰）与搭档丽萨奉命调查此案。然而，他们很快发现案件被国防部强行接管，两人被指派保护女生物学家道尔顿（劳拉•里根饰）。与此同时，透明人在杀害医学博士前得知，只有道尔顿才能提供维持自己身体稳定的缓冲药剂，这让她成为关键目标。 　　特纳与丽萨在保护道尔顿的当晚遭到透明人袭击，丽萨不幸殉职。混乱中，军方突然现身包围现场，特纳这才惊觉自己和道尔顿只是军方设下的诱饵，目的是抓捕透明人。愤怒的特纳决定反抗，他带着道尔顿逃离军方控制，并逼迫她说出真相。原来，透明人与军方有着不可告人的联系，而道尔顿的研究正是整个阴谋的核心。 　　随着真相逐渐浮出水面，特纳发现自己陷入了一场更大的阴谋。军方将特纳列为追捕对象，而透明人也在暗中伺机行动。三方势力展开了一场激烈的追逐与较量，特纳必须在军方的围剿和透明人的威胁下保护道尔顿，同时揭开背后的黑暗实验。影片在紧张刺激的对抗中推向高潮，最终揭示了人性与科技的残酷碰撞。