《摩斯拉》的故事开始于一群遭遇海难的幸存者在贝鲁岛（Infanto tô）上被发现。这座岛屿曾用于原子弹试验，但令人惊讶的是，岛内竟无辐射影响。幸存者们声称，他们之所以安然无恙，是因为岛上的居民给他们喝了一种特殊果汁。随后，一支由罗利西卡和日本科学家组成的联合考察队前往贝鲁岛展开调查，并在岛上发现了许多奇异现象，其中包括两名身高仅一英尺（30厘米）的迷你女性。 　　考察队的负责人克拉克·尼尔森心怀不轨，将这两名迷你女性绑架，并将她们带到歌舞杂耍表演中展览。然而，她们甜美的歌声中暗含着一种心灵感应般的求救信号，传向了被岛民奉为神灵的巨型飞蛾——摩斯拉。摩斯拉感受到她们的呼唤后，立刻展开行动，朝东京方向飞去。 　　在前往东京的途中，摩斯拉所经之处皆遭毁灭性破坏。它的出现引发了巨大恐慌，人类军队试图阻止它，但摩斯拉的强大力量让一切抵抗显得徒劳。最终，摩斯拉抵达东京，继续肆虐城市，似乎在寻找被囚禁的迷你女性。影片的高潮部分围绕着人类如何应对这场灾难，以及是否能够理解并平息摩斯拉的愤怒展开。 　　影片通过这一系列事件，探讨了人类对自然的贪婪掠夺与破坏所带来的后果，同时也展现了摩斯拉作为自然力量的化身，对人类行为的反击。故事在紧张刺激的怪兽破坏场面之外，也隐含了对和平共处与尊重大自然的深刻思考。