《未来水世界》的故事发生在公元2500年，由于全球变暖导致两极冰川消融，地球被汪洋覆盖，人类被迫在水上生存。水上浮岛成为人们栖息的场所，而曾经普通的泥土则变成了极其珍贵的资源。一天，一个神秘的海行者（凯文•科斯特纳饰）来到浮岛，用一罐泥土交换淡水和番茄苗。然而，岛民发现他长着鳃和蹼，认为他是变异的怪物，将他囚禁并准备处死。 　　不久后，凶残的海盗袭击了浮岛，混乱中，岛民海伦（珍妮•特里普里霍恩饰）和她的养女伊萝娜（蒂娜•米乔里诺饰）未能及时登上逃生的船只。危急关头，她们救出了被关押的海行者。凭借超凡的水性和战斗技巧，海行者带着母女二人逃离了海盗的追杀。然而，他们很快发现，海盗的真正目标并非浮岛的资源，而是伊萝娜本人。 　　随着剧情发展，伊萝娜的身世之谜逐渐浮出水面。原来，她的背上纹有一幅神秘的地图，指向传说中未被淹没的陆地。海盗头目迪肯（丹尼斯•霍珀饰）渴望找到这片土地以统治残存的人类世界。为了保护伊萝娜，海行者与海伦联手对抗海盗，展开了一场惊心动魄的冒险。在逃亡过程中，海行者的真实身份和过去也被揭开，他并非怪物，而是人类适应极端环境的进化产物。 　　最终，海行者成功护送伊萝娜抵达地图所示的坐标，发现了一片未被海水吞噬的陆地。然而，为了确保母女的安全，他选择独自离开，继续在茫茫水世界中漂泊。影片以开放式的结局收尾，暗示人类或许还有希望重建家园，而海行者的传奇故事也将成为新世界的传说。