《北京猿人》是一部融合历史悬疑与科幻元素的冒险电影，故事背景设定在侵华战争时期。日本人在战争中掠走了珍贵的北京猿人头骨化石，并试图秘密运回国内，然而运输途中船只沉没，头骨下落不明，成为一桩历史悬案。几十年后，在和平年代，日本科学家重新发现了这批化石，并从中提取出DNA残片。为了研究人类起源的奥秘，他们利用现代基因技术培育出北京猿人胚胎，并将其送入太空，希望通过宇宙粒子辐射加速其成熟过程。 　　然而，搭载胚胎的飞船在返回地球时意外失事，坠毁在一座偏远海岛上。令人震惊的是，北京猿人竟在事故中存活并成功诞生。这一消息迅速引发各方关注，尤其是由中国女间谍（王祖贤饰）带领的特工小组，她的任务是将北京猿人带回中国。与此同时，日本科学家也急于找回这一重大科研成果，双方由此展开了一场惊心动魄的明争暗斗。 　　在激烈的争夺中，双方逐渐意识到北京猿人并非属于任何一个国家，而是全人类共同的遗产，更是大自然的一部分。最终，中日双方达成共识，决定放弃争夺，将北京猿人一家三口以及一只通过同样技术复活的猛犸象放归自然，让它们回归原本属于它们的生态环境。影片以充满哲理的结局收尾，探讨了科学与伦理、国家利益与自然保护的深刻主题。