《生化危机3：灭绝》延续了前作的剧情，爱丽丝（米拉•乔沃维奇 饰）被保护伞公司复制，成为伊萨克博士（伊恩•格雷 饰）的研究对象。由于她体内的DNA能够抵抗T病毒，博士试图利用她的基因增强僵尸的战斗力。某天，爱丽丝收到人类的求救信号，却意外落入陷阱，经过一番激烈厮杀才得以逃脱。尽管暂时安全，但她逐渐察觉到体内潜藏着一股不受控制的力量，显然保护伞公司对她的改造远超想象。 　　与此同时，伊萨克博士将人类血液注入僵尸体内，试图激活它们的智能。然而实验彻底失控，僵尸不仅变得更加强大，还恢复了部分人类意识，甚至残忍杀害了实验室的助手。这些新型僵尸被训练用来追踪并消灭爱丽丝，成为她最大的威胁。三年后，地球因病毒肆虐而沦为废墟，幸存者们在内华达州结成同盟，艰难求生。爱丽丝隐藏身份混迹其中，却因实验室赋予的超能力而被同伴怀疑，甚至被视为间谍。 　　孤独的爱丽丝唯有卡洛斯理解她的处境，两人在危机中逐渐产生微妙的情感。然而，保护伞公司的阴影始终笼罩着他们。伊萨克博士并未放弃抓捕爱丽丝的计划，他派出大批强化僵尸和雇佣兵展开围剿。在与幸存者团队合作的过程中，爱丽丝不得不直面自己的命运，同时还要应对体内越来越难以控制的力量。最终，她决定主动出击，与保护伞公司展开决战，试图终结这场席卷全球的灾难。