《黑客帝国3：矩阵革命》延续了第二部的紧张剧情，尼奥在试图从内部摧毁“母体”失败后，身体陷入昏迷，意识被困在“母体”与真实世界之间的中间地带。这一神秘领域由“火车人”掌控，尼奥无法自行逃脱。墨菲斯和崔妮蒂得知他的困境后，在守护天使的指引下，找到了“火车人”的控制者梅罗纹奇。经过一场激烈的战斗，他们成功救出了尼奥，但他的回归并未带来喘息的机会。   与此同时，电子乌贼大军对人类最后的避难所锡安发起了全面进攻。人类组织集结所有机甲战士拼死抵抗，但局势依然岌岌可危。尼奥意识到，要拯救人类，必须直面机器世界的统治者。他与崔妮蒂驾驶飞船突破重重阻碍，最终抵达机器城市。在那里，尼奥见到了“机器大帝”，并提出一项关键交易：他将消灭失控的史密斯程序，以换取锡安的和平与人类的生存机会。   回到“母体”后，尼奥与史密斯展开了一场决定人类命运的终极对决。史密斯作为病毒般的存在，已感染了“母体”中的无数程序，甚至威胁到机器世界的稳定。两人的战斗不仅关乎个人恩怨，更是两个世界存亡的关键。最终，尼奥以自我牺牲为代价，让机器大帝得以清除史密斯，实现了和平协议。影片以“母体”重启、人类与机器暂时共存告终，为系列画上了充满哲学意味的句号。