《游戏王：次元的黑暗面》是纪念《游戏王》系列漫画连载二十周年的动画电影。故事发生在武藤游戏与体内另一人格“暗游戏”进行最终决战并获胜后，两人正式诀别，各自踏上不同的人生道路。游戏回归平凡生活，与伙伴们享受着日常的校园时光，但内心深处仍对暗游戏的离去感到一丝寂寞。 　　某天，一名自称蓝神的神秘少年突然出现在游戏面前，他拥有操控次元的能力，并对游戏表现出异常的敌意。与此同时，海马濑人始终无法接受暗游戏的消失，他回到当初暗游戏离去的地方，挖掘出被埋藏的“千年积木”碎片，决心重新拼凑完成，试图再次召唤暗游戏。海马的执念驱使他利用最先进的科技手段，甚至不惜冒险涉足未知的次元领域。 　　随着蓝神的真实目的逐渐浮出水面，游戏与海马被卷入一场跨越次元的巨大阴谋中。蓝神企图利用千年积木的力量打开次元之门，实现自己的野心。为了阻止他，游戏必须重新面对内心的勇气，而海马则必须在执念与理智之间作出抉择。最终，两人在次元的夹缝中展开激烈对决，而暗游戏的意志也以某种形式再度显现，影响着这场超越时空的命运之战。