《竖笛与双肩背包 第三季》延续了前两季的轻松搞笑风格，继续讲述外表与年龄严重不符的宫川姐弟的日常生活。小学五年级的宫川敦志身高180厘米，长相成熟帅气，言行却充满孩子气；而他的姐姐宫川敦美虽是高中生，却因137厘米的娇小身材常被误认为小学生。这种反差成为故事的最大笑点，敦志常因外表被当成可疑分子或老师，敦美则因娃娃脸频频遭遇“儿童优惠”的尴尬。 　　新一季中，姐弟俩的日常闹剧再度升级。敦志在体育课上因体格优势被强行编入教师排球赛，结果用蛮力扣杀砸晕裁判；敦美参加修学旅行时被民宿老板娘塞进儿童浴池，还收到附赠的动物橡皮擦。同时新增了班级转学生佐藤美咲的角色，她对敦志“大叔般的外表下藏着纯真灵魂”产生兴趣，引发一系列误会。而敦美在便利店打工时，因坚持用成人语气说话却被顾客当成“角色扮演游戏”，更是让人捧腹。 　　本季特别聚焦姐弟的校园文化祭，敦志被迫加入话剧社饰演魔王，因西装造型引发女生尖叫，却忘词即兴表演“魔王广播体操”；敦美则因负责甜品摊被安排站在增高台上招揽客人，反被当成吉祥物玩偶合影。最终话两人在回家路上遭遇暴雨，共撑一把伞时被警察误认为“可疑成年男子诱拐儿童”，用敦志书包里的竖笛合奏校歌才化解误会，凸显系列“反差萌”的核心魅力。