《平行世界物语》讲述高中生四加一树因能看见周围人无法察觉的机器人幻影而被视为怪人。某日，科学家真田博士通过女儿三月将四加带到研究所。博士正致力于证明平行世界理论，却因实验装置操作失误，意外将四加传送至异世界。 　　在平行世界中，四加展现出惊人天赋，成功驾驶只有特定人选才能操控的核心机器人"哈鲁齐南"，击退了来犯之敌。这一壮举引起该世界军方领袖真田司令的注意。当四加请求返回原世界时，却得知由于异世界正遭受外星侵略者袭击，相关理论尚未完善。 　　为结束战争并寻找归途，四加与同样被卷入的三月暂居真田家，开始以哈鲁齐南驾驶员的身份投身战斗。与此同时，性格迥异的异世界居民们让他们的日常充满笑料——严谨的司令官父亲、热衷发明的原世界博士、傲娇的三月，以及能看见机器人幽灵的四加，在拯救世界的重担下，展开了一段交织着热血战斗与滑稽闹剧的奇妙物语。 　　随着剧情推进，两个世界的关联逐渐浮出水面。四加的特殊能力、侵略者的真实目的、平行世界诞生的秘密相互交织，少年在战斗与友情的历练中，逐渐揭开命运编织的庞大谜团。