《最强会长黑神》第一季的故事围绕箱庭学园一年级新生黑神目泷展开。作为拥有完美外表、顶尖成绩、超凡体能和显赫家世的学生会长，她以98%的支持率成为校园传奇。为了践行“绝对平等”的理念，黑神与青梅竹马人吉善吉设立“意见箱”，携手执行部成员阿久根高贵、喜界岛枫夏等人，用非常规手段解决学生们的烦恼，从调解恋爱纠纷到平息帮派斗争，展现出近乎超人的行动力。 　　随着黑神的影响力不断扩大，反对势力开始暗中集结。以球磨川禊为首的“十三班”质疑其独裁统治，用“过负荷”能力制造混乱。黑神在保护校园秩序的过程中，逐渐触及学园深层秘密，发现包括人吉善吉“先客”身份在内的诸多异常。当球磨川发动“箱庭圆周战”试图颠覆规则时，黑神以压倒性实力粉碎阴谋，却也意识到绝对平等的理想需要更残酷的代价。 　　第一季在学生会与十三班的对决高潮中落幕，黑神虽维护了表面和平，但球磨川留下的“恶平等”思想已埋下隐患。故事通过夸张的战斗与反转，探讨了正义与权力的边界，为后续更复杂的斗争埋下伏笔。