《初音岛III》的故事发生在初音岛风见学园，时间已悄然流逝二十年。随着毕业季临近，学园新闻部面临前所未有的挑战——非官方新闻部大胆质疑其权威，并意图争夺毕业特刊的主导权。为了捍卫新闻部的声誉，部长森园立夏决定以传说中永不凋零的樱花树为核心，策划一期以“魔法”为主题的特别杂志。这个充满浪漫与神秘气息的主题，成为新闻部全体成员共同努力的目标。 　　芳乃清隆作为新闻部唯一的男生，自然承担起调查与撰稿的重任。他并非孤军奋战，身边聚集了一群性格迥异却各具魅力的伙伴：温柔体贴的芳乃夏露露、青梅竹马且活泼开朗的葛木姬乃、傲娇认真的瑠川纱罗，以及内向文弱却心思细腻的阳之下葵。这些女孩们以各自的方式支持着清隆，或提供线索，或分担压力，或给予鼓励，让整个调查过程充满了温馨与欢笑。 　　随着对樱花树传说的深入挖掘，新闻部成员们逐渐接触到初音岛隐藏的秘密。他们发现，这棵永不凋零的樱花树背后，似乎与岛上流传的魔法传说有着千丝万缕的联系。在追寻真相的过程中，清隆与伙伴们不仅面临外部的竞争与质疑，还要直面内心的困惑与成长。最终，他们能否揭开谜团，完成一期震撼学园的毕业特刊？这段充满青春、友情与魔法的旅程，将为他们留下难忘的回忆。