《锦衣神匠》的故事背景设定在天启元年，这是一个机关术盛行的年代，新旧党派争权夺势，朝堂暗流涌动。齐南府秀才沈问精通木工机巧之术，某日在街头偶然卷入一起皇宫秘宝失窃案，意外结识了锦衣卫总旗沐思卿。沈问惊讶地发现，锦衣卫追查的秘宝竟是当年导致他满门被灭的六合兽图，这幅神秘的图纸中隐藏着关乎皇朝命运的惊天秘密。 　　为了查清家族灭门真相并揭开六合兽图的谜团，沈问决定暗中布局，利用自己的机关术才能混入北镇抚司。他一边与沐思卿周旋，一边在锦衣卫内部寻找线索。随着调查深入，沈问逐渐发现六合兽图背后牵扯的不仅是朝堂权谋，更与一个庞大的江湖势力有关。与此同时，沐思卿也对沈问的身份产生怀疑，两人在互相试探中逐渐被卷入一场更大的阴谋。 　　在追寻真相的过程中，沈问凭借高超的机关术屡次化险为夷，却也引来了更多势力的追杀。他必须在各方势力的夹缝中周旋，既要提防锦衣卫的监视，又要应对神秘组织的暗算。随着六合兽图的秘密逐渐浮出水面，沈问与沐思卿的关系也发生了微妙的变化，从最初的敌对到后来的合作，两人共同面对危机，揭开了隐藏在皇权与江湖之间的惊天秘密。