长江三峡的考古现场，考古学家们挖掘出一件庞然巨物，手工粗糙不堪，经鉴定竟是历史上著名的“吃饱撑的思想家”麦子仲肥的又一废物发明。麦子仲肥本名麦兜，字仲肥，以胡思乱想和发明无用之物闻名。正当众人为如何处理这件巨型废物发愁时，香港的麦兜（郭君彦/张正中 配音）正和妈妈麦太（吴君如/宋丹丹 配音）过着平淡的生活。麦兜天生反应迟钝，被诊断为多元低智能，而麦太半生奔波却一事无成，为了改变现状，她决定带麦兜到内地闯荡。   母子二人来到武汉后，麦太忍痛将麦兜送到山上的武术学校“太乙春花门”寄宿。学校生活艰苦，呆头呆脑的掌门道长（黄秋生/张立昆 配音）教学古板，麦兜对武术毫无兴趣，最大的乐趣是和同学偷偷溜进炼丹房煮方便面。幸好，善良的助教“熊宝弟弟”时常照顾他，让麦兜在陌生的环境中感受到一丝温暖。   不久，“国际幼儿园武术大赛”即将举行，“太乙春花门”的小选手们实力不济，眼看只有挨打的份。就在麦兜迎战各地高手的关键时刻，麦子仲肥的巨型发明突然发出“当、当、当”的响声——原来这是一座一年仅走一秒、三千六百年才报一次时的超级大钟。在钟声的启示下，麦兜顿悟太极拳的真谛，也明白了“大成若缺，大器晚成”的人生哲理，最终以独特的方式证明了自己的价值。