《巴啦啦小魔仙》的故事始于魔法世界魔仙堡，黑魔仙小月因私自修炼禁忌黑魔法并企图盗取蕴含强大力量的魔仙彩石，打破了魔仙堡的平静。为追回彩石，守护魔仙小蓝奉女王之命来到人类世界，意外藏身于凌家姐妹美淇、美雪的音乐盒中。性格开朗的小蓝以保姆身份入住凌家，与姐妹俩朝夕相处，用魔法帮助她们解决生活难题，三人逐渐建立起超越主仆的温暖情谊。 　　魔仙女王被小蓝的真诚与凌家姐妹的善良打动，破例允许她们学习基础魔法，美淇和美雪由此正式成为见习小魔仙。然而危机接踵而至——流落人间的小月为对抗小蓝，将内心阴暗的少女严莉莉蛊惑为小黑魔仙。严莉莉因嫉妒频频用黑魔法刁难凌家姐妹，导致校园与社区接连出现超自然事件。随着小月夺取彩石的阴谋浮出水面，小蓝带领美淇、美雪开始系统学习攻击与防御魔法，而黑魔仙一方也在暗中积蓄力量。 　　最终决战在魔仙堡与人类世界的交界处爆发。小蓝联合两位小魔仙以友情魔法激发彩石能量，瓦解了小月的黑暗结界。严莉莉在见证黑魔法的反噬后果后幡然醒悟，而小月则被女王剥夺法力永久囚禁。经历这场跨越两界的冒险，美淇和美雪领悟到魔法真正的意义在于守护他人，小蓝也完成了从任务执行者到心灵导师的成长。故事在魔仙堡庆典的绚烂烟花中落幕，但属于小魔仙们的传奇仍在继续。