《蜡笔小新：好别致的影分身》讲述了野原一家平静的生活被一位神秘女子打破的故事。某天，一位自称屁祖隐的女人带着一名5岁少年突然造访野原家，声称自己才是野原新之助的亲生母亲。这个突如其来的消息让广志和美冴陷入困惑，但出于善意，他们还是让这对母子暂时留宿家中。 　　然而，当晚野原家遭到了一群神秘忍者的袭击。在混乱中，新之助被忍者集团绑架。屁祖隐这才揭露真相：她来自忍者世家，世代守护着维系地球能量的神秘力量“宁特鲁”。由于新之助体内流淌着忍者血统，他成为了敌人觊觎的目标。为了保护地球不被邪恶势力毁灭，新之助必须觉醒自己的忍术潜能。 　　为了救回儿子，野原夫妇与屁祖隐联手踏上冒险之旅。一路上，他们遭遇了各种忍者的阻挠，但也逐渐揭开了新之助身世的秘密。最终，新之助在亲情和勇气的激励下，成功掌握了强大的“影分身”忍术，挫败了敌人的阴谋，拯救了地球。故事在欢笑与感动中落下帷幕，野原一家也重新找回了幸福平静的生活。