《我的朋友很少第二季》延续了第一季的故事，讲述了羽濑川小鹰与邻人部成员们继续在圣克罗尼亚学园高中部展开的搞笑又温馨的日常。第二季中，邻人部的活动更加丰富，成员之间的关系也逐渐加深。三日月夜空依旧以毒舌和强势的性格主导着社团，而小鹰则继续扮演着调和矛盾的角色。随着新学期的开始，社团迎来了新的挑战和机遇。 　　在这一季中，柏崎星奈与小鹰的关系有了微妙的变化，她对小鹰的好感逐渐显露，但傲娇的性格让她无法坦率表达。与此同时，楠幸村对“男子汉”身份的执着引发了更多搞笑事件，而志熊理科则继续以她的天才头脑和古怪行为为社团增添笑料。邻人部的成员们通过一起玩游戏、举办文化祭活动等方式，逐渐拉近了彼此的距离。 　　然而，社团内部也出现了新的矛盾。夜空与星奈的争吵愈发激烈，而小鹰则努力在两人之间周旋。随着剧情的发展，夜空过去的秘密逐渐浮出水面，她与小鹰的童年关系也成为故事的重要线索。最终，在经历了一系列误会与和解后，邻人部的成员们更加珍惜彼此的友谊，尽管他们依旧是一群“朋友很少”的怪人，但他们的青春故事仍在继续。