《骷髅人》的故事发生在一个架空的日本都市，这里被巨大的企业“影之都”所支配，整个城市笼罩在封闭与压抑的氛围中。远古秘宝骷髅头盔赋予了一位神秘人物超能力，使其化身为“骷髅人”，游走于正义与邪恶、光明与黑暗的模糊地带。这位反英雄并非传统意义上的正义使者，他的行动冷酷无情，怜悯与同情在他眼中毫无价值。任何试图挑战他的人都将付出惨痛代价，因此在向他露出獠牙之前，必须三思而行。 　　骷髅人的真实身份始终笼罩在迷雾之中，成为故事最大的悬念之一。他可能是主角，也可能是表面善良无能的神父，甚至是掌控城市的大伴集团骨干成员，抑或是看似无能的警方人员，甚至是某个不起眼的路人。不到最后一刻，观众无法揭开他的真面目。这种叙事手法为剧情增添了强烈的悬疑色彩，观众只能通过动画中零散的线索或坚持到最后才能一窥真相。 　　在这个充满阴谋与背叛的都市中，骷髅人如同黑暗中的幽灵，穿梭于人类与非人类的纷争之间。他的存在打破了传统英雄的框架，以残酷的方式维持着某种扭曲的秩序。故事通过他的视角，探讨了权力、欲望与道德的边界，让观众在紧张刺激的剧情中不断猜测：骷髅人究竟是谁？他最终会走向何方？