《钢之炼金术师：香巴拉的征服者》延续了TV动画的结局，讲述了被分隔在两个世界的爱力克兄弟为重逢而奋斗的故事。哥哥爱德华·爱力克通过"门"来到了1923年的德国慕尼黑，这个没有炼金术的陌生世界正笼罩在一战后的阴影中。失去炼金术能力的爱德华结识了与弟弟阿尔冯斯长相相似的青年爱尔凡斯·海德利希，两人投身火箭技术研究，试图找到回到炼金术世界的方法。 　　与此同时，留在炼金术世界的阿尔冯斯已成长为独当一面的炼金术师。他穿着哥哥标志性的红色外套，与国家炼金术士们合作寻找连通两个世界的途径。在慕尼黑，一个秘密组织"图勒协会"正进行着召唤"香巴拉"的仪式，这个传说中的理想国实际上就是炼金术世界。他们的行动意外打开了连接两个世界的通道，导致炼金术世界的怪物入侵现实世界。 　　当两个世界的危机同时爆发，爱力克兄弟终于在混乱中重逢。他们必须携手对抗图勒协会的阴谋，阻止两个世界的崩坏。最终，兄弟二人做出不同选择：阿尔冯斯决定留在炼金术世界守护家园，而爱德华则选择在现实世界与温莉共同生活。影片以两人隔空相望的感人场景作结，展现了超越时空的兄弟羁绊。