《游戏王VRAINS》的故事发生在互联网技术高度发达的都市「DEN CITY」。这座城市由巨型企业「SOL技术社」通过先进的网络技术构建了一个名为「LINK VRAINS」的虚拟现实空间，人们在其中沉浸于全新的决斗体验。然而，这个看似美好的世界却遭到了神秘黑客集团「海诺因骑士团」的威胁，他们利用决斗进行黑客攻击，企图毁灭隐藏在互联网深处的「AI们的世界=电子界」。 　　面对这一危机，一位名为「Playmaker」的决斗者挺身而出。他以压倒性的实力击败了「海诺因骑士团」，并成功捕获了「SOL技术社」和黑客集团都觊觎的神秘AI程序。这场传奇般的战斗让「Playmaker」一度成为互联网世界的英雄，但随后他却悄然消失，只留下无数传说。 　　事实上，「Playmaker」的真实身份是高中生藤木游作。为了揭开过去某起事件的真相，他再次潜入「LINK VRAINS」，追击重新出现的「海诺因骑士团」。随着游作的行动，命运的齿轮开始转动，隐藏在幕后的谜团逐渐浮出水面——神秘AI的真实身份、黑客集团的目标，以及游作过去的秘密，都将在「LINK VRAINS」中揭晓。 　　这场关乎世界未来的战斗，将带领观众深入虚拟与现实的交织之地，探索真相与羁绊的意义。