《时间囚徒》的故事发生在2060年，世界组织为应对日益增多的超自然危机，在全球范围内选拔精英特工组建了特殊机构"危情局"。危情局又从这些精英中挑选出最顶尖的成员，组成了一支王牌小队"魅影"。三年前，在一次接收神秘宝物的任务中，队长昊远因轻信他人而导致魅影小队遭到戴瑞克小队的偷袭，几乎全军覆没。昊远不仅被戴瑞克栽赃陷害，还坠入悬崖生死未卜。 　　然而命运给了昊远第二次机会。目标宝物"永生石"意外进入他的体内，不仅让他死而复生，还赋予了他操控时间的超能力，包括时间静止和时间倒流等强大异能。获得新生的昊远却选择隐姓埋名，过着普通人的生活，一心守护着已故战友的妹妹顾小溪，试图逃避过去的伤痛。 　　命运的齿轮再次转动，Y城突然爆发了一种可怕的蓝色病毒。感染者皮肤会出现蓝色纹理，逐渐蔓延全身，最终导致死亡。更不幸的是，顾小溪也被感染了。为了破解蓝色病毒之谜，拯救顾小溪的生命，昊远不得不重新回到危情局。在这里，他与性感干练的特工御姐夏柔、古灵精怪的天才萝莉童晓晓、混迹江湖的中二大佬展鹏等性格迥异的伙伴临时组队，重建了另类的魅影小队。一段充满传奇色彩的冒险故事就此展开。