《妖怪旅馆营业中》讲述了平凡女大学生津场木葵意外继承祖父的“见鬼”能力，被卷入妖怪世界的故事。某日她突然被召唤至隐世中著名的“天神屋”旅馆，得知祖父生前欠下巨债，竟以她作为抵押品许配给旅馆大老板。性格倔强的葵拒绝接受包办婚姻，提出以打工方式偿还债务，自此展开了一段人妖共处的奇幻日常。 　　在天神屋中，葵遇见了形形色色的妖怪同事：追求完美的九尾狐总管银次总是用商业微笑掩盖本性；热血单纯的狼妖晓虽然莽撞却格外努力；外表冰冷的雪女实则温柔体贴。随着葵用祖传料理手艺化解妖怪们的心结，原本抗拒的打工生活逐渐变得充满温情。而她特制的“妖怪专用料理”更意外成为旅馆招牌，让负债偿还出现转机。 　　在与大老板的朝夕相处中，葵发现这位神秘鬼神背后藏着与祖父的约定。随着隐世各方势力对葵特殊能力的觊觎，天神屋接连陷入危机。葵在守护旅馆的过程中，逐渐揭开自己血脉的秘密，更与大老板发展出超越契约的羁绊。当人类与妖怪世界的平衡被打破时，她必须用料理与真心，为两个世界带来新的奇迹。