《天上天下》的故事围绕凪宗一郎和卜比牧原闯入统道学园展开。统道学园本是一所崇尚平和武道的学校，但宗一郎和牧原却企图以暴力征服校园。然而，他们的计划很快受挫——宗一郎被柔剑部部长枣真夜及其搭档高柳雅孝轻松击败，狼狈地坠入正在沐浴的枣亚夜怀中。意外的是，亚夜对宗一郎一见钟情，而患有女性恐惧症的宗一郎因此陷入尴尬又搞笑的校园生活。 　　随着剧情发展，校园中神秘的“柱”标记逐渐引起关注。这些刻在不同角色身上的标志似乎隐藏着重要秘密。宗一郎在适应学园生活的同时，开始调查“柱”的真相。与此同时，他与亚夜、真夜、雅孝等人的关系也逐渐深化，校园内的势力斗争和情感纠葛交织，为故事增添了更多悬念与冲突。 　　在探索“柱”之谜的过程中，宗一郎逐渐接触到统道学园背后的庞大势力与古老传统。这些标志不仅关乎个人命运，更与学园乃至整个武道界的平衡息息相关。随着真相浮出水面，宗一郎必须面对自身过去，并与伙伴们共同迎接即将到来的巨大挑战。