高中二年级的春天，雨宫莲因卷入一场意外事件而被强制转学至东京的"秀尽学园"。寄宿在四轩茶屋一家破旧咖啡馆的他，某夜在手机里发现神秘APP"异世界导航"，意外闯入名为"殿堂"的异空间。在这里，他目睹学校体育教师鸭志田卓对学生实施暴力，愤怒中觉醒了人格面具"亚森"，成为能够操控内心力量的"PERSONA"使者。 　随着与同班同学坂本龙司、高卷杏等人的相遇，他们发现殿堂是人心欲望扭曲形成的异世界。为揭露鸭志田的恶行，众人组成"心之怪盗团"，通过发布预告信潜入殿堂盗取"秘宝"，成功让鸭志田忏悔罪行。这次行动在网络上引发热议，更多受害者开始向怪盗团求助。与此同时，东京街头接连发生离奇的精神崩溃事件，受害者都会突然大喊"是我干的"后昏厥，警方将矛头指向新兴的怪盗团。 　随着怪盗团名气增长，成员们陆续迎来各自的觉醒：天才黑客佐仓双叶、财阀千金奥村春、转学生喜多川祐介相继加入。他们一边应对校园生活与青春期烦恼，一边在异世界对抗艺术贩毒集团、黑心企业等强敌。随着调查深入，众人发现所有事件背后都与神秘议员狮童正义及其支持的"认知人类学"研究有关。当怪盗团终于锁定最终目标时，却不知自己正逐步踏入某个庞大阴谋的漩涡中心。