《某科学的超电磁炮S》的故事发生在以超能力开发为核心的学园都市中。这座占据东京都西部三分之一面积的城市，拥有230多万人口，其中八成以上是学生。作为仅有的七名Level 5超能力者之一，御坂美琴与好友白井黑子、初春饰利等人过着看似平凡的校园生活，同时也在暗中维护着城市的和平。 　　剧情转折始于美琴调查一起现今卡事件时，意外遇见了长点上机学园的学生布束砥信。通过这次相遇，美琴震惊地发现学园都市正在进行一项名为"量产型能力者计划"的秘密实验——利用她的DNA大量复制超能力者。随着调查的深入，美琴逐渐揭开了这个计划背后令人不安的真相：这些克隆体被用于一项残酷的"绝对能力者进化计划"，两万名"妹妹们"将被用来进行杀戮实验。 　　面对这个残酷的现实，美琴决心独自阻止这个计划。她与自己的克隆体御坂妹妹们产生了深厚的情感联系，并为此不惜与整个学园都市的黑暗面为敌。故事在激烈的战斗与深刻的情感冲突中展开，展现了美琴为保护妹妹们而孤军奋战的勇气与决心。与此同时，上条当麻等原作角色也适时登场，为故事增添了更多层次的冲突与转折。